《意见》规定坚持依法独立行使审判权原则。必须以事实为根据，以法律为准绳。不能因为舆论炒作、当事方上访闹访和地方“维稳”等压力，作出违反法律的裁判。定罪证据不足的案件，应当坚持疑罪从无原则，依法宣告被告人无罪，不得降格作出“留有余地”的判决。对于定罪证据确实、充分，但影响量刑的证据存疑的，应当在量刑时作出有利于被告人的处理。死刑案件，对被告人适用死刑的事实证据不足的，不得判处死刑。
《意见》进一步明确了非法证据的范围，对于采用刑讯逼供或者冻、饿、晒、烤、疲劳审讯等非法方法收集的被告人供述，应当依法排除。对于除情况紧急必须现场讯问以外，在规定的办案场所外讯问取得的供述，未依法对讯问进行全程录音录像取得的供述，以及不能排除以非法方法取得的供述，都应当依法排除。
《意见》规定审判案件应当以庭审为中心。要真正做到事实证据调查在法庭，定罪量刑辩论在法庭，裁判结果形成于法庭。对于依法应当出庭作证的证人没有正当理由拒绝出庭或者出庭后拒绝作证，其庭前证言真实性无法确认的，不得作为定案的根据。
《意见》规定，下级人民法院不得通过降低案件管辖级别规避上级人民法院的监督。不得就事实和证据问题请示上级人民法院。不得以上诉率、改判率、发回重审率等单项考核指标评价办案质量和效果。
